Dr Skibiński mówił na temat „Działania komunistycznego aparatu państwa po śmierci ks. Popiełuszki – w świetle dokumentów I Departamentu SB”. Wynika z nich, że głównym celem władz była tzw. dezintegracja przeciwnika – Kościoła katolickiego. Chodziło o pogłębienie różnic i antagonizmów między biskupami. Temu miało służyć dzielenie Kościoła na „dobry” – warszawski, skupiony wokół prymasa Glempa, i „zły” – krakowski, radykalny i antypaństwowy. Jak stwierdził historyk, władze nie zdołały podzielić Kościoła, ale pewien zamęt wywołać im się udało.

Władzom natomiast zupełnie nie udało się zneutralizować wpływu św. Jana Pawła II na sytuację w Polsce. Świadczy o tym także nieznana dotychczas inicjatywa papieska – domaganie się likwidacji zajmującego się zwalczaniem Kościoła Departamentu IV MSW, z którego wywodzili się mordercy bł. ks. Jerzego. List w tej sprawie podpisali prymas Józef Glemp i sekretarz Episkopatu abp Bronisław Dąbrowski, ale – jak twierdzi dr Skibiński – nie ma wątpliwości, że realizowali oni wyraźną wolę Papieża. Jak mówi historyk, św. Jan Paweł II zgadzał się z episkopatem, że w ówczesnej sytuacji nie było alternatywy dla gen. Jaruzelskiego, jednak – zdaniem Ojca św. – absolutnie nie znaczyło to, by należało przejść do porządku dziennego nad zamordowaniem księdza.

Według dr. Skibińskiego, nie da się odpowiedzieć na pytanie, kto podjął decyzję o zamordowaniu kapłana. Warto w tym kontekście przyjrzeć się przesileniu w aparacie władzy, do jakiego doszło w okresie jesień 1984 – wiosna 1985. Zwraca uwagę – według historyka – dobrze przygotowana reakcja ekipy gen. Jaruzelskiego na mord na księdzu. Wytłumaczenie może być trojakie: albo sami za tym stali, albo byli tak przewidujący, albo też realizowali zadanie postawione przed nimi przez władze sowieckie.

Organizatorem konferencji „Śmierć bł. ks. Jerzego Popiełuszki – nowe fakty” jest Instytut Edukacji Medialnej i Dziennikarstwa UKSW. Jednym z patronów medialnych jest Katolicka Agencja Informacyjna.